据《科学时报》2006年4月3日报道：“十五”国家重大科技专项“功能基因组和生物芯片”课题“水稻重要农艺性状相关功能基因研究”，在经过武汉、北京、上海三地科研人员四年共同努力后，全面实现了预期目标，建立和完善了水稻功能基因组研究的技术平台，克隆了一大批水稻重要农艺性状功能基因，使我国的水稻功能基因组研究进入世界先进行列，许多方面甚至达到国际领先水平。该项目日前在上海通过专家验收。
该课题由华中农业大学教授、中科院院士张启发主持，华中农业大学、北京末名凯拓农业生物技术有限公司、中科院上海生命科学研究院的科研人员共同承担。从2002年正式启动以来，科研人员在创建水稻大型突变体库及对应的数据库，建立报告基因表达谱、水稻基因组表达谱分析平台、水稻全长cDNA文库和水稻生物信息学平台等方面，做了大量的突破性工作。
据悉，该项目克隆的一批具有我国自主知识产权的重要农艺性状功能基因，如抗病、抗旱、营养高效利用、产量和生长发育等相关基因，将直接用于农作物的遗传改良，可以缓解和解决我国水肥资源短缺、生态环境恶化、粮食安全和供需矛盾的问题，保障我国农业持续高效发展。同时，水稻作为重要的模式植物，其研究成果将直接促进我国的植物功能基因组学研究，带动本学科和相关领域学科的快速发展，研究中积累的新理论、新技术和新方法将极大地丰富和发展现有的生物学理论和技术方法。
该项目建立的技术平台和克隆的功能基因已在国内外产生了重要影响，引起广泛关注，孟山都、杜邦先锋、拜耳等公司多次前来洽谈合作事宜。至2005年底，该项目共申请专利79项，授权14项，发表SCI收录的研究论文147篇，其中发表在Nature，Science，Nature Genetics，Plant Cell等国际著名杂志的论文达10余篇。稳定、吸引和培养一支高素质的植物基因组研究队伍。建立和完善了武汉、北京和上海三个各具特色和优势的水稻功能基因组学研究基地。
