第一大隐患：作物根系吸收营养素的能力60多年来没有多少改进，导致作物矿物质含量下降40%以上。
植物育种对作物的影响，历来莫过于产量和抗性。育种家和政府出于保障食品供给总量的目的，在作物产量增加上不遗余力的投入。结果呢?作物产量增加的速度将作物根系吸收营养素的速度远远抛下。根据美国科学家的全球观察和研究，从上个世界50年代至今，全球农作物的矿物质含量平均下降40%以上。而我们国内的长江流域、黄淮海平原和东北平原，由于耕作土壤长期得不到休整，更是雪上加霜，长期大田作业的地方，作物矿物质含量下降可能在50%以上。这意味着什么呢?我们清楚矿物质对人体的影响有5个方面：构成机体组织、维持体液稳定、参与体内代谢活动、协调机体的酸碱平衡并维持组织细胞的渗透压、保护细胞膜的通透性和安全。我们长期食用着这样矿物质含量下降很多的粮食和蔬菜，就出现了营养素缺乏的“隐性饥饿”。而个别营养素缺乏导致的“隐形饥饿”是各种慢性疾病的源头，全球70亿人中约30亿人处于“隐形饥饿”状态。我们国内的数据没有查到。但是我们可以反过来看，我们在全民补钙，营养素提取物和营养补充剂等保健品畅销，这不能说明问题的严重性吗?
我们用这样的食品原料加工出来的产品能号称又营养又健康吗?
第二大隐患：单一作物大面积种植，品种遗传基础狭窄，粮食生产面临很高的不确定性。
我们拿水稻、玉米来分析，这里不一一对名。绝大多数的杂交水稻都含有同一种不育系细胞质;杂交玉米越来越多的被引入同一国外特殊基因。随着原始栽培品种被替代和相应减少，遗传多样性也在消失。因此，当几个当家品种占据国内主要农作物支配地位时，危害已经深埋了。有兴趣的可以查阅19世纪40年代饿死100多万人的爱尔兰马铃薯饥荒的原因，还有1868年Ceylon的咖啡锈病流行以及1970年美国南部玉米小斑病流行。而且，单一作物大面积种植对生物多样性的危害更是巨大。美国的为了适应大规模机械化的单一作物经营的大农场已经带来更严重的生态问题。作物有一个东西是机械解决不了的，就是授粉。授粉主要靠蜜蜂，因此在美国有蜜蜂车队随着作物的开花季四处奔走。新的问题出现了，越来越多的蜂群在神秘的失踪，并且逐年增多，一直到目前还没有找到原因。当蜂群消减到一定程度时，是不是还会有机械蜜蜂出现就不得而知了。
我们用这样的作物来生产粮食从发展角度来说能安全吗?
相反，我们国家众多的农作物的小品种，绝大多数是常规种或农家种，由于没有经过以产量为主要目的的杂交选育，遗传资源依然保持得很好，营养素也依然保持的很好。并非是我们平时强调的五谷杂粮膳食纤维多，而是由于矿物质、维生素、脂肪、氨基酸的丰富，才好吃。杂交水稻，杂交谷子的口感是无法与之比拟的。这也就给小农经济、生态农场、有机作物带来了商机和希望。
但是，常规种和农家种存在很多问题，一是做这样的育种和提纯复壮工作，知识产权不好保证;二是每个品种都有适应地域的限制，总量有限。
