按照党中央、国务院关于突发事件应急管理的决策部署，根据《国家突发公共事件总体应急预案》和《重大动物疫情应急条例》，农业部围绕“一案三制”，突出抓好禽流感等突发重大疫情应急管理工作，禽流感等重大疫情防控工作取得明显成效。
一是建立健全应急预案配套制度，不断完善预案体系。农业部狠抓疫情应急处置工作的规范化、制度化和法制化，收到了良好成效。二是建立快速反应队伍，提高应急处置效率。2005年，为了加强和提高重大动物疫情的应急处置能力，农业部成立了突发重大动物疫病应急指挥中心，设立应急指导组、综合组、科技法规组、保障组，指导各地开展应急处置工作。三是建立重大动物疫病防控定点联系制度，不断创新应急机制。农业部2005年实行重大动物疫病防控定点联系制度，组成6个工作组，分别负责6个片区动物疫病防控联络和指导工作。同时，将疫情报告网络延伸到乡村，建立了64.5万名的村级疫情报告观察员队伍，提高了疫情报告的时效性、准确性。四是依靠科技进步，提高应急管理技术支撑能力。近两年，我国成功研制出多种禽流感、口蹄疫疫苗和检测诊断技术。五是推进兽医管理体制改革，加强应急管理体系建设。农业部成立了改革领导小组，召开全国兽医管理体制改革工作会议，先后派出10多个督导组指导有关省推进改革。
